Дигидрокверцетин, будучи мощным антиоксидантом, вряд ли вызывает токсичность при обычных дозах, однако при передозировке могут возникнуть побочные эффекты. Исследования показывают, что чрезмерное потребление флавоноидов, таких как дигидрокверцетин, может нарушить баланс окислительно-восстановительных процессов, что может привести к клеточным повреждениям. Высокие дозы могут также вызывать расстройства пищеварения, головные боли, или аллергические реакции. Оптимальная дозировка должна быть соблюдена, чтобы избежать риска побочных эффектов, особенно при длительном применении.