Противотуберкулезные препараты (изониазид, циклосерин), металл-хелатор пеницилламин и противопаркинсонические лекарства (L-Дофа), могут образовывать комплексы с В6 и ограничивать его действие, создавая функциональный дефицит. Биодоступность PLP также снижается метилксантинами, используемыми для лечения определенных респираторных заболеваний.
Длительное применение нестероидных противовоспалительных препаратов (целекоксиба, напроксена) ухудшает метаболизм пиридоксина. Высокие дозы В6 снижают эффективность противосудорожных препаратов (фенобарбитал, фенитоин).